Implementasi program AKSI dipimpin oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemendikbud), tepatnya di bawah Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi. Kemendikbud membentuk sebuah steering committee (SC) yang terdiri dari Wakil Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS), Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Direktur Jenderal lainnya yang terkait di Kemendikbud, Biro Perencanaan Kemendikbud, dan rektor dari keempat universitas peserta program AKSI, yaitu Universitas Malikussaleh (UNIMAL), Universitas Jambi (UNJA), Universitas Riau (UNRI), dan Universitas Pendidikan Indonesia (UPI). Sementara ADB bertindak sebagai pengawas program.
Untuk menjalankan program AKSI sehari-hari, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi membentuk sebuah Unit Manajemen Proyek (Project Management Unit/PMU), yang dikepalai oleh Direktur Sumber Daya dan dibantu oleh seorang Manajer Proyek yang didedikasikan khusus untuk mendorong pencapaian target-target implementasi proyek ini.
PMU didukung oleh staf tetap dan para konsultan profesional, yang utamanya bertugas untuk: