Implementasi program AKSI di tingkat universitas dijalankan oleh sebuah Unit Implementasi Proyek (Project Implementation Unit/PIU) yang anggota-anggotanya ditunjuk langsung oleh masing-masing rektor. PIU bertanggungjawab atas; 

• Pembelian alat dan barang
• Perekrutan sumber daya manusia
• Manajemen keuangan proyek dalam lingkup universitas
• Implementasi program di area-area teknis
• Membantu menjaga dan melaporkan kemajuan implementasi program di lingkup universitas
• Memastikan seluruh perencanaan, implementasi program, pembelian alat dan barang,serta rekrutmen sumber daya manusia sesuai dengan panduan ADB